Truyện "Phương Pháp Trị Liệu Bí Mật" xoay quanh cuộc gặp gỡ đầy hy hữu giữa hai chàng trai có số phận giao thoa. Park Hyunwoo, một thực thể yêu đờm, sở hữu khả năng đặc biệt nhìn thấy linh hồn và cảm nhận được nỗi đau trong tâm hồn của người khác. Vì vậy, anh trở thành một nhân viên chăm sóc sức khỏe tinh thần nổi tiếng với phương pháp trị liệu cá nhân, giúp mọi người khắc phục nỗi đau tinh thần.
Trong một buổi chiều ảm đạm, Hyunwoo đã gặp Kim Seojun - một người đàn ông lạnh lùng và khép kín. Bí ẩn và quyết đoán, Seojun luôn che giấu nỗi đau sâu thẳm trong lòng. Dần dần, qua những buổi trò chuyện và tiếp xúc, Hyunwoo phát hiện ra sự đau đớn kinh hoàng mà Seojun đã trải qua từ quá khứ.
Dần dần, tình cảm của hai người dấy lên, nhưng Seojun vẫn giữ vững tâm hồn đóng băng và khép kín. Để chứng minh tình cảm của mình, Hyunwoo quyết định vén màn bí mật trong tâm hồn Seojun. Đến khi mọi sự thật được phơi bày, cả hai phải đối mặt với quyết định khó khăn giữa tiếp tục sống trong quá khứ hoặc bước tiếp vào tương lai mới với tình yêu đầy hy vọng.
